Equipo
GeoMx® DSP (NanoString)
La plataforma GeoMx® de NanoString® permite realizar perfiles espaciales digitales de expresión génica mediante un estudio multiplexado de la expresión génica en regiones seleccionadas de manera simultánea de un corte de tejido parafinado (FFPE) o congelado. Se combina la demostración de marcadores morfológicos mediante técnicas de inmunofluorescencia, con la generación de transcriptomas completos y perfiles de cientos de analitos proteicos, obteniendo imágenes de la muestra hasta en 4 colores para seleccionar las regiones de interés (ROI).
Permite el estudio de la heterogeneidad de los tejidos, lo cual es imprescindible para dar respuesta a preguntas biológicas clave, estudiar interacciones celulares, microambiente inflamatorio, mecanismos de patogenicidad o la respuesta a terapias, ayudando al desarrollo de fármacos dirigidos de nueva generación.
nCounter (NanoString)
La plataforma nCounter® de NanoString® es una tecnología rápida y sencilla para el análisis multiplexado de hasta 800 dianas de ARN o proteínas, sin necesidad de amplificación, conversión a ADNc o preparación de librerías.
La tecnología nCounter® de NanoString® se basa en la detección digital de un código de barras molecular (codificado por colores) ligado a una sonda específica (Sonda reportera) para el gen de interés. Además de ésta, otra sonda específica (Sonda de captura), unida a la primera covalentemente, hibrida con la secuencia diana para permitir la inmovilización del complejo formado por la secuencia diana y las sondas. Los complejos purificados se inmovilizan y orientan para el escaneado de las señales mediante un microscopio de fluorescencia automático. Los datos generados (archivos CSV) se analizar con el software de análisis nSolver™ de NanoString®.
NextSeq 2000 (Illumina)
La Next-Generation Sequencing (NGS) o secuenciación masiva es una tecnología consolidada y ampliamente utilizada en los laboratorios de una gran variedad de áreas, que permite la secuenciación simultánea de millones de secuencias de ADN.
La NGS tiene diversas aplicaciones; desde el diagnóstico, pronóstico e investigación en el campo de la oncología, las enfermedades hereditarias, las enfermedades infecciosas, etc., hasta los análisis genéticos preimplantacionales, la identificación humana para estudios forenses, o el tipaje HLA para la realización de trasplantes, entre otras.
Técnicas
- Estudio multiplexado de expresión génica en regiones seleccionadas de cortes de tejido FFPE o congelado.
- Caracterización de la muestra. Detección de ARN y proteínas altamente multiplexada.
- Cuantificación digital. Con normalización de datos integrada.
- Análisis de proteínas y ARN a partir de muestras de tejido FFPE o tejido congelado.
- Secuenciación de Nueva Generación (NGS) de ADN y ARN.
- Análisis de calidad de ADN/ARN y librerías de NGS.
Aplicaciones
- Transcriptómica espacial
- Secuenciación de Nueva Generación (NGS).
- Genómica (DNA-Seq):
- Transcriptómica (RNA-Seq)
- Metagenómica (estudios de microbioma), secuenciación de las subunidades 16S, 18S, ITS (ID de microorganismos).
El servicio básico de desarrollo de proyectos de NGS incluirá: Control de calidad inicial de las muestras extraídas, Normalización, Preparación de librerías, Validación de la librería, Secuenciación en equipo de NGS, Demultiplexing y entrega de Raw Data (BCL) y/o FASTQ.